共有持分の売却における確定申告はどうする？流れや注意点について解説

2026-03-24

この記事のハイライト: ●共有持分を売却したときは、売却益の有無にかかわらず確定申告が必要で、各共有者が自分の持分を個別に申告する; ●確定申告では、分離課税で処理し取得費や経費を持分割合で正しく按分し、特別控除の適用可否も確認する; ●税率は所有期間によって変わるため、税理士に相談して正確に申告する

共有名義の不動産を所有している方の中には、「自分の持分だけを売却したい」と考えるケースも少なくありません。
しかし、共有持分を売却する際は、確定申告の手続きや税金の計算方法が、通常の不動産売却とは異なります。
正しい知識を持たずに進めると、思わぬ税負担や申告漏れを招くおそれがあるでしょう。
本記事では、共有持分の売却における確定申告の流れ・注意点・税金の仕組みを解説します。

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1. 共有持分の売却における確定申告の流れ
2. 共有持分を売却したときの確定申告の注意点
3. 共有持分の不動産を売却したときにかかる税金
4. まとめ

共有持分の売却における確定申告の流れ

共有持分を売却した場合、売却益が発生すれば原則として確定申告が必要になります。
まずは、誰が・いつ申告を行うのか、そしてどのような書類を準備すればよいのかを順に解説します。

確定申告を行うのは誰？

共有名義の不動産を売却した場合、確定申告を行うのは自分の持分を売却した方だけです。
税法上、共有者はそれぞれが独立した所有者とみなされるため、共有者全員でまとめて申告することはできません。
たとえば、兄弟で土地を2分の1ずつ共有している場合、兄が自分の持分だけを売却したときは、兄だけが確定申告を行います。
弟が売却していないなら、弟には申告の必要はありません。
つまり、共有不動産の売却は「共有全体」ではなく「それぞれの持分ごとの取引」として扱われる点を理解しておきましょう。

確定申告の申告期限

確定申告の期間は、売却した年の翌年2月16日から3月15日までです。
この期間を過ぎると、延滞税や無申告加算税が課されるおそれがあります。
また、譲渡損失が出た場合でも、損益通算や繰越控除を受けるために申告を行うことが望ましいです。
特に売却時に複数の共有者が関わっている場合は、書類の整理に時間がかかるため、早めの準備が重要です。

確定申告の必要書類

共有持分の売却を申告する際には、以下のような書類を準備します。

売買契約書（共有持分の売却価格を確認）
登記事項証明書（共有割合を確認）
仲介手数料などの領収書（譲渡費用として計上）
購入時の契約書・領収書（取得費を確認）
確定申告書B様式・申告書第三表（分離課税用）

これらをもとに、譲渡所得の計算を行います。
なお、国税庁の「確定申告書作成コーナー」やe-Taxを活用すれば、自宅から申告手続きが可能です。

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共有持分を売却したときの確定申告の注意点

共有持分の売却では、通常の不動産売却よりも注意すべき点が多くあります。
申告の方法を誤ると、税額が正しく計算されず、後で修正申告が必要になることもあるでしょう。
続いて、確定申告で特に注意したい3つのポイントを解説します。

各共有者がそれぞれ確定申告を行う

共有不動産の売却で最も誤解されやすいのが、「誰が申告するか」という点です。
各共有者は、自分の持分の売却に対して個別に確定申告を行う必要があります。
たとえば、3人で所有している土地のうち1人が自分の持分を売却した場合、その1人のみが申告対象となります。
他の2人が売却していない場合は、申告の必要はありません。
税務上も「各人ごとの所得」として処理されるため、混同しないよう注意しましょう。

他の所得とは合算しない

不動産の売却で得た利益（譲渡所得）は、給与所得や事業所得とは合算しません。
これは「分離課税」という仕組みによるもので、他の所得とは独立して税率が適用されます。
もし合算してしまうと、税額が本来より高くなったり、税務署から修正を求められる可能性があります。
確定申告書では、必ず「分離課税用（申告書第三表）」を使用しましょう。

取得費や経費の按分を正確に計算する

共有持分を売却するときは、取得費や譲渡費用を自分の持分割合に合わせて計算（按分）する必要があります。
たとえば、購入時に仲介手数料として100万円を支払っていた場合、持分が1/2なら50万円を経費として計上します。
この計算を誤って全額を記入してしまうと、所得額が実際より少なくなり、税務署から修正申告を求められるでしょう。
過少申告加算税や延滞税が発生するおそれもあるため、領収書や契約書などの根拠となる資料をきちんと保管しておくことが大切です。
なお、取得費の資料が手元にない場合は、売却価格の5％を概算取得費として計上することが認められています。

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共有持分の不動産を売却したときにかかる税金

共有持分を売却して利益（譲渡所得）が出た場合は、所得税と住民税が課されます。
ただし、取得時期や所有期間を誤って判断すると、税率が変わり、余計な税負担を生む可能性があります。
正確な計算と節税のためには、不動産会社や税理士への相談が重要です。
最後に、共有持分の売却で知っておきたい税金の種類・計算方法・特別控除の仕組みを整理します。

税金①売却益（譲渡所得）

売却益（譲渡所得）は、次の計算式で求められます。
譲渡所得＝譲渡価格－（取得費＋譲渡費用）
譲渡費用には、仲介手数料・印紙税・測量費など、売却に直接関係する費用が含まれます。
譲渡価格が取得費よりも低い場合は「譲渡損失」となり、税金はかかりません。
ただし、損失を翌年以降に繰り越すには、確定申告を行う必要があります。

税金②取得費

取得費とは、共有持分を取得した際にかかった費用の合計です。
主な内訳は、購入代金・登記費用・仲介手数料・修繕費などとなります。
古い物件や相続による取得で金額が不明な場合は、概算取得費として売却価格の5％を利用することが認められています。
ただし、実際の資料が残っている場合は、そちらを優先するのが原則です。
不動産会社を通じて売却する際は、契約書や領収書の写しを必ず保管しておくと安心でしょう。

特別控除の適用条件

共有している不動産の中でも、自宅として実際に住んでいた物件を売却した場合は、「居住用財産の3,000万円特別控除」を受けられる可能性があります。
ただし、共有持分の場合は持分割合に応じて控除額が決まるため、たとえば持分が1/2であれば、控除の上限は1,500万円となります。
また、相続によって取得した空き家を売却する場合も、条件を満たせば「相続空き家の特別控除（最大3,000万円）」の対象です。
これらの控除を受けるには、確定申告の際に適用手続きを行う必要があり、申告しなければ自動的に適用されません。
特に居住用財産の控除を使う場合は、売却した住宅が自分の居住用だったこと、そして住まなくなってから3年以内に売却していることなど、細かい条件を満たすことが求められます。
控除の適用を受ける前に、登記簿上の住所・住民票の移動時期・売却日の3点を必ず確認しておくと安心です。

税率の目安と所有期間の判定

譲渡所得に対する税率は、所有期間によって次のように変わります。

短期譲渡所得（5年以下）：39.63％（所得税30％＋住民税9％＋復興特別所得税0.63％）
長期譲渡所得（5年超）：20.315％（所得税15％＋住民税5％＋復興特別所得税0.315％）

所有期間は「取得した翌年の1月1日時点」で判定します。
たとえば、2018年12月に取得した場合、2024年1月1日を迎えていれば長期譲渡所得の対象となります。

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まとめ

共有持分の売却では、確定申告の流れや必要書類、税金の仕組みを正しく理解することが欠かせません。
特に、共有者ごとの申告や按分計算、特別控除の適用条件は誤りやすいポイントです。
売却を検討する段階で専門家へ相談し、適切な税務処理を行うことが、安心で確実な取引につながります。
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